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接種器械滅菌器的滅菌原理主要依賴于高溫高壓蒸汽或特定的滅菌氣體（如環氧乙烷）進行滅菌處理。

在高溫高壓蒸汽滅菌的情況下，接種器械滅菌器會產生高溫高壓的蒸汽，這種蒸汽能夠迅速殺滅包括細菌、病毒、真菌、芽孢等在內的各種微生物。這種方法的優點是滅菌效果可靠，能夠保證接種器械的衛生和安全。

對于使用特定滅菌氣體的接種器械滅菌器，如環氧乙烷滅菌器，則是通過氣體與微生物體內的蛋白質、核酸等發生作用，破壞微生物的代謝，使其失去活性，從而達到滅菌的效果。

此外，還有一種接種器械滅菌器是采用紫外線殺菌的方式。紫外線能夠破壞細菌和病毒的核酸分子，阻止其復制，從而達到殺菌的目的。

總的來說，無論是高溫高壓蒸汽、滅菌氣體還是紫外線，接種器械滅菌器都能有效殺死接種器械上的病原體，確保在接種過程中不會傳播疾病，提高接種的安全性和效率。